历史因素：

自古以来，战争与冲突多为领土，巴以冲突自然也不例外，实际上也是领土之争。若是要追溯巴以矛盾的根源，可以从5000年前说起。相传，闪米特人是阿拉伯人与以色列人的祖先，最早他们共同在中东一带生活。后来，闪米特人逐步分化成两支，即是迦南人和希伯萊人。而这两个民族的后裔就是阿拉伯人和犹太人。两个民族各自建国，相互战争。因此两个民族矛盾由来已久。经过犹太复国和之后联合国带有明显偏向的调解后，两个民族的冲突流血事件更为突出。

根本原因：

最最根本的问题是，耶路撒冷主权归属不明。因为耶路撒冷作为圣城具有十分重要的历史地位。从地理位置上看，耶路撒冷位于巴勒斯坦约旦河西岸，占据十分重要的地理位置；从历史上看，此城于公元前3150年建立，是一座具有五千多年悠久历史的古城；从国际地位上看，耶路撒冷是基督教、犹太教以及伊斯兰教的发源地，被称为“三教圣地”，享有世界著名文化、宗教古城的美誉，具有丰厚的旅游收入。基于以上三点，耶路撒冷自古就是兵家必争之地。也是巴以冲突的根本原因。