朊病毒的复制在生物界还没有确切的定义，现在存在两个有争议的结论：

1.由于朊病毒是一种只含有蛋白质而不含核酸的分子生物并且只能在寄生宿主细胞内生存。

因此，合成朊病毒所需的信息，有可能是存在于寄主细胞之中的，而朊病毒的作用，仅在于激活在寄主细胞中为朊病毒的编码的基因，使得朊病毒得以复制繁殖。

（这是从网上得到的，比较抽象，我做一下解释：打个比方，癌细胞，我们的体细胞中本身就存在存在抑癌因子和原癌因子，当抑癌因子过少时细胞就有可能转变成癌细胞。

朊病毒则有一种功能，将细胞中本身存在的某种成分改变，使细胞病变。

病变后的细胞成分发生改变，逐渐变成朊病毒。

然后新的病毒和病毒妈妈一起工作，转变更多的细胞，然后就像多米诺骨牌一样成倍增加……）

2.另一种学说认为朊病毒的蛋白质能为自己编码遗传信息。

这种假说与传统的分子生物学中的“中心法则”是相违背的，因为朊病毒没有核酸。

于是人们假设朊病毒的复制可能的方法，一认为是通过逆转译过程产生为朊病毒编码的RNA或DNA（如后者情况还需要逆转录）必须存在逆转译酶，甚至还要有逆转录酶。

二为蛋白质指导下的蛋白质合成，即蛋白质本身可作为遗传信息。