1.结构基因是指编码任何蛋白质或非调控因子的RNA的基因,是操纵子的一部分，结构基因编码的内容呈现广泛的功能和结构，包括结构蛋白、酶类或不执行调控功能的RNA分子，结构基因是细胞表现形态和功能特征所必需的，在真核细胞中，结构基因被内含子和外显子所分隔；而在原核细胞中则是连续的，与调控基因、编码启动子的基因不同，结构基因在蛋白质的翻译中起到实质性的作用，结构基因基本等价于基因。

2.编码基因则是能编码蛋白的基因，职责仅仅是编码蛋白质，并无其他功能。