孤岛惊魂2采用沙盒设定，玩家可以在广阔的非洲大草原上自由来往。游戏的地形十分的诡峭，悬崖峭壁、沙漠戈壁，它们可以成为让玩家绕路的障碍，也可以保护玩家躲避敌人的追击。游戏中玩家除了使用巴士传送站外，几乎很难徒步穿越。

在游戏的场景中，玩家会遇到很多哨站，这些哨站几乎全部与主角敌对，当击杀哨站全部雇佣兵时，哨站便会解锁。但是如果玩家离开哨站一段时间后，这些哨站又会被敌人占领。

作为传统的第一人称射击游戏，孤岛惊魂2的战斗系统并没有出色的表现。游戏中除了按住鼠标左键对敌人进行攻击外，只需要注意一些陷阱即可。

在孤岛惊魂2中有个独特的设定：卡壳，游戏中的枪械是耐久度的，快速的射击会导致枪械过热，那时枪械便会卡壳而无法使用。