在汉朝时期，佛教传入西域，西域的少数民族信仰了佛教，魏晋南北朝时期佛教达到了鼎盛，后来回鹘西迁，分了三支：西周回鹘在中亚地区建立了喀拉汗王朝，以维族为主体民族；甘洲回鹘在今天甘肃一带，现在仍然可以看到一些长的和维族人一样但是操汉语的民族；而高唱回鹘则在今天的新疆吐鲁番地区。喀拉汗王朝的建立后，阿拉伯哈里发帝国开始西征推广伊斯兰教，喀拉汗王朝的君主萨克图·博格拉汗接受了伊斯兰教，随后进行宗教战争，当是的西域群龙无首，都是地方割据。于阗国和高昌国都信仰佛教。宗教战争很快就失败了。但是喀拉汗王朝并未放弃，终于打败了高昌国。将伊斯兰教推广到了吐鲁番地区，高昌的佛教文化遭到了一次毁灭和摧残。最严重的要到元朝察合台统治时期，伊斯兰教开始盛行，全民信教，不信教者的头颅会被钉入马蹄钉，佛教文化遭到毁灭。