离心分离时的沉降速度和蛋白质的分子量大小，蛋白质的空间结构以及蛋白质溶液的浓度有关。

一般来说，蛋白质分子量越大，蛋白质溶液浓度较低时沉降速度较快。

离心分离：借助于离心力，使比重不同的物质进行分离的方法。由于离心机等设备可产生相当高的角速度，使离心力远大于重力，于是溶液中的悬浮物便易于沉淀析出。又由于比重不同的物质所受到的离心力不同，从而沉降速度不同，能使比重不同的物质达到分离。

离心分离生物分子是最常用的生化分离方法，因为不同的生物分子有不同的体积和密度，可在不同离心力的作用下沉降分离。随着生命科学技术的发展，离心分离技术已成为生物化学与分子生物学中不可缺少的分离技术手段。

对于两相密度相差较小，黏度较大，颗粒粒度较细的非均相体系，在重力场中分离需要很长时间，甚至不能完全分离。若改用离心分离，由于转鼓高速旋转产生的离心力远远大于重力，可大大提高沉降速率，因此离心分离只需较短的时间即能获得大于重力沉降的效果。