口腔是全身寄居微生物密度最高，种类最多的部位之一。口腔微生物包括细菌，真菌和病毒，其中细菌为最主要的类型。

目前已分离出的菌属有40余种，这些细菌包括：革兰阳性球菌属如链球菌属、葡萄球菌和微球菌，大量证据表明变形链球菌可以引起龋病；革兰阴性球菌如韦永菌、奈瑟菌属；革兰阳性杆菌如乳杆菌属、放线菌、罗氏菌属、丝杆菌属、双歧杆菌、丙酸菌属等；革兰阴性杆菌如类杆菌属、梭状杆菌属、纤毛菌属、沃廉菌属、弯曲杆菌属等；革兰阴性兼性厌氧杆菌如嗜血菌属、放线杆菌属、嗜碳酸噬纤维菌属、埃氏腐蚀菌等。其他微生物还包括螺旋体属，支原体，真菌，病毒，原虫等。