一般情况下不吃木瓜籽。如果煲汤，木瓜籽可食用。木瓜籽可以入药，有食疗的作用。

木瓜籽粉作用：木瓜是药食具佳的瓜果，中医认为木瓜味甘、平，有补脾、益胃、催乳、消食、驱虫的效用，可用于脾胃虚弱、食欲不振、消化不良、饮食积滞、产后缺乳、脘腹疼痛、驱除绦虫、蛔虫等病症。清心润肺可炖食，冰糖炖木瓜可清心润肺，医治喉炎等疾患。延年益寿木瓜在中国还有万寿果之称，多吃可延年益寿。呵护秀发以木瓜煎汤洗发，可增加头发的光泽。贴敷外痔木瓜还可用来贴敷外痔。减轻溃疡若以木瓜汁擦在溃疡皮肤上，可以使溃疡面加速愈合。现代医学还发现，木瓜中含有番木瓜碱，有麻醉中枢和抗阿米巴痢疾、抗肿瘤、抗菌和抗寄生虫病等作用，对腓肠肌痉挛有明显的治疗作用，还具有抗淋巴性白血病之功。