牙垢中的细菌主要是正常口腔内存在的链球菌、厌氧菌等。牙垢堆积到一定厚度之后，其内部紧挨牙齿表面的细菌因为与空气隔绝开始转入无氧呼吸。无氧呼吸在此处产生的酸不能及时被唾液冲走，因此会腐蚀珐琅质中的矿物成分，并进一步促进龋齿的形成。在牙根处堆积的牙垢也会刺激牙龈，导致牙周炎等牙周疾病。

牙垢对牙齿的危害随其沉积时间而增强，所以应该定期清除。牙垢的质地很软，可以用牙刷、牙膏来有效清除。一般每天早晚刷牙2次即可达到较好的效果。在牙齿之间等不容易刷到的地方可以使用牙线。洗牙可以进一步保证牙垢的彻底清除。长期沉积的牙垢在结合了唾液中的矿物质等成分后，会钙化形成硬质的牙石。牙石一般紧密附着在牙齿表面，其去除需要由牙医等专业人士进行。