淮南的本科学校为安徽理工大学和淮南师范学院。

安徽理工大学位于安徽省淮南市，是安徽省重点建设的特色高水平大学，是安徽省和国家安全生产监督管理总局共建高校，是国家中西部高校基础能力建设工程支持建设的高校，是教育部“卓越工程师教育培养计划”实施高校，是中国人民解放军后备军官培养选拔基地。

淮南师范学院始建于1958年，2000年经国家教育部批准升格为本科学校，学校坐落于国家重要能源城淮南市，占地面积1216亩，建筑总面积48万平方米，2007年顺利通过了教育部本科教学水平评估并取得“良好”成绩，2009年被确定为硕士研究生培养省级立项建设单位。