港澳通行证网上签证流程：

1.登录出入境网站，按提示要求填写好相应内容；　

2.在申请的第四个工作日后可登录网站查询申请是否已受理；

3.申请受理后申请人可以在第十个工作日后凭有效的港澳通行证、身份证、申请回执编号到市公安局出入境管理处领取签注；

4.一旦网上申请获得审批通过，并制作签注，不管申请人是否领取或使用，都必须按规定交纳费用，拒不交费的，公安出入境部门将记录在案，申请人再次申请时，公安出入境部门将会视情况给予相应的处理，往来港或澳一次有效签注20元每件，二次有效签注40元每件。