系统发育树是用来简明地表示生物的进化历程和亲缘关系，可用于种间分析。

系统学分类描述了不同生物之间的相关关系，通过系统学分类分析，可以帮助人们了解所有生物的进化历史过程。这一过程并不能够直接看到，人们只能通过相关线索了解历史上曾经发生了什么，而科学家就是用这些线索建立各种假说、模型，甚至是生命发生的历史。

在系统学分类的研究中，最常用的可视化表示进化关系的方法就是绘制系统发育进化树，用一种类似树状分支的图形来概括各种类生物之间的亲缘关系。通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树。