民国没有选择北京作为首都主要有以下三个原因：

1.在当时北方此时仍然受以袁世凯为代表的北洋军阀统治，北京是明清两代的首都，是长期以来的政治核心，辛亥革命时期的北方，革命形势和南方大不一样，还是北洋军阀说的算，民国政府在北京的影响力有限；

2.南京历史上有作为首都存在的历史，地理位置同样特殊，南京古称建邺、金陵等，是中国的历史文化名城，早在三国时期，就是吴国的国都，之后的南北朝时期，靖难之役前的明朝都建都于南京，地理位置处长江的咽喉，也是一个易守难攻的宝地；

3.民国政府在南京拥有广泛的政治基础，起初，武昌起义之后，孙中山建议将首都定在武昌，但当清朝政府向湖北猛攻，而南京被攻克之后，随即决定确立南京为民国政府首都，革命党人在东南沿海有更广泛的革命基础，更容易获得政治上的稳定和当地群众的支持，而形成与清朝政府及后来的北洋政府南北对峙的局面。