1.加重三峡库区部分江段的水质污染：

水库蓄水后，上游来水量减少，使水库内的水体流速减缓，复氧和扩散能力下降，江水的自净能力减弱；

2.影响鱼类的栖息：

阻碍鱼类的洄游，三峡工程在每年10月份开始蓄水，将使下泄流量比天然流量有所减少，会干扰中华鲟的栖息和产卵活动；

3.破坏植被，包括珍惜品种：

工程建成后，原库区大面积土地被淹，直接受淹没影响的陆生植物物种有120科、358属、560种，其中有三种国家级保护植物：荷叶铁线蕨、疏花水柏枝、川明参受到影响；

4.增加诱发构造性和非构造性地震的可能性；

5.入海口泥沙堆积量减少以及入海水量减少，易导致海水倒灌。