不扣除，按计提工资总额进行缴纳。根据《国家税务总局关于修订企业所得税纳税申报表的通知》第四条的解释中所称每月全部职工工资，是指按税收规定允许税前扣除的工资额。该数额是允许税前扣除的工会经费的计算基数。

工会经费，是指工会依法取得并开展正常活动所需的费用。按《中华人民共和国工会法》，工会经费的主要来源是工会会员缴纳的会费和按每月全部职工工资总额的2%向工会拨交的经费这二项，其中2%工会经费是经费的最主要来源。

引起争议的直接原因是这部分经费不是通过工会会员以会费交纳的方式，是通过行政拨交的方式，从而引起人们对它的来源和实质存有分歧。第一种观点认为其本质属性应该是劳动力价值的一部分，这是大多数人的观点，也是政府的观点；第二种观点认为其本质属性应该是对剩余价值的分配，这是一小部分人的观点；第三种观点认为其是属于生产资料的内容，这是极少数人的观点。