上海交通大学医学院有基础医学院、临床医学院、口腔医学院、护理学院、公共卫生学院、检验系、营养系等17个二级学院（系），7所综合性附属医院和5所专科性附属医院，15所教学医院或中心。有临床医学八年制和口腔医学七年制两个长学制专业，有临床医学、预防医学、口腔医学、医学检验、护理学、营养学等本科专业。其中临床医学专业、口腔医学专业、医学检验和护理学专业为教育部特色专业。教育部学位与研究生教育发展中心公布的《学位学科评估高校排名结果》，该学院临床医学和口腔医学专业分别排名第一、二位。