1.阻水问题：大桥横跨珠江口，对珠江的排洪纳潮有较大影响，严重时会造成航道淤塞；这样必须采用大跨径的桥梁。

2.航道问题：珠江口为我国航运最繁忙的航道，必须提高大桥净空。

3.航空限高问题：大桥附近有澳门、香港两个国际机场，对桥高有严格限制，这样与第二条形成一个矛盾。

4.白海豚问题：大桥横穿白海豚的繁殖地，建设期必须错开白海豚繁殖期。

5.台风：珠江口台风多，对大桥的稳定性及行车安全设计上有较高要求。

6.海水侵蚀：海水对混凝土的逐步侵蚀，影响大桥结构和使用寿命。