天然气公司的上级行政单位是政府的城市管理部门，即在注册时需要城市建设管理部门(燃气管理部门)的。

根据中华人民共和国国务院令第583号《城镇燃气管理条例》第五条规定：

国务院建设主管部门负责全国的燃气管理工作。

县级以上地方人民政府燃气管理部门负责本行政区域内的燃气管理工作。

县级以上人民政府其他有关部门依照本条例和其他有关法律、法规的规定，在各自职责范围内负责有关燃气管理工作。

扩展资料：

《城镇燃气管理条例》第十五条，国家对燃气经营实行许可证制度。

从事燃气经营活动的企业，应当具备下列条件：

（一）符合燃气发展规划要求；

（二）有符合国家标准的燃气气源和燃气设施；

（三）企业的主要负责人、安全生产管理人员以及运行、维护和抢修人员经专业培训并考核合格；

（四）法律、法规规定的其他条件。

符合前款规定条件的，由县级以上地方人民政府燃气管理部门核发燃气经营许可证。

参考资料来源：百度百科-《城镇燃气管理条例》