主要区别有，物种分类不同、形态特征不同、产地分布不同，具体如下：

一、物种分类不同

1、北美小鳄龟

北美小鳄龟，中文学名拟鳄龟，别称小鳄龟、平背鳄龟。

属龟鳖目、曲颈龟亚目、鳄龟科、拟鳄龟属、拟鳄龟种。

2、北美大鳄龟

北美大鳄龟，中文学名北美大鳄龟，别称鳄鱼龟，真鳄龟。

属龟鳖目、曲颈龟亚目、鳄龟科、大鳄龟属、大鳄龟种。

二、形态特征不同

1、北美小鳄龟

北美拟鳄龟可以长到近1米长，从吻部到尾的末端，可重达约22.7千克。

颈部为突起之肉瘤。

背甲微微隆起且後部有锯齿状边缘并呈方圆形且颜色较暗，背甲形状一般前窄后宽。

第三椎盾宽度不超过整体背甲宽度之三分之一，比第二肋盾来的窄。

腹甲前页长度不超过其背甲的40%。

头部较短，吻部微尖，且通常在上、下颌会有黑色条纹。

成体後转为棕色及灰棕色颜色。

腹甲一般呈现黑、红、橘红或带有红、橘红色斑点。

背甲棕黄色或黑褐色，有3条纵行棱脊，肋盾略隆起。

腹甲灰白色，无上缘盾，尾略短，尾的背面有一锯齿形脊，又称尾棘。

2、北美大鳄龟

大鳄龟体型巨大，成年龟甲长0.4-0.7米，体重45-75公斤，最大的可达107公斤，身长在0.75-0.9米，雄性比雌性大。

这种大鳄龟看起来像是一只披甲恐龙。

在它们的舌头上，长有蠕虫形状的附属肢体，可以用来吸引鱼类自动游向它们的嘴中。

背甲盾片呈棕褐色13块盾片就像13座小山连绵起伏，呈纵横3行排列，背甲的边缘有许多像锯齿状的突起，眼睛长在口的两侧，小而有神，头和颈上有许多肉突。

三、产地分布不同

1、北美小鳄龟

有四个亚种，产地分别是北美，佛州，南美，中美。

四个亚种分别是﹕

①、南美拟鳄龟，又称假鳄龟。

②、佛州拟鳄龟。

③、中美拟鳄龟，又称啮龟。

④、北美拟鳄龟，又称磕头龟。

2、北美大鳄龟

产自北美洲美国东南部。

参考资料来源：百度百科-北美大鳄龟

参考资料来源：百度百科-真鳄龟

参考资料来源：百度百科-拟鳄龟

参考资料来源：百度百科-北美拟鳄龟