明朝在位时间最长的皇帝是明神宗朱翊钧。

明神宗朱翊钧，明朝第十三位皇帝，明穆宗朱载垕第三子，生母孝定太后李氏。

隆庆二年（1568）三月十一日被立为皇太子，正位东宫。

隆庆六年（1572年），明穆宗驾崩，10岁的朱翊钧即位，年号万历，在位48年，是明朝在位时间最长的皇帝。

明神宗在位之初十年，内阁首辅张居正主持政务，张居正实行了一系列改革措施，社会经济有很大的发展，开创了“万历中兴”的局面。

扩展资料：

神宗20岁时，张居正逝世，神宗开始亲政，有一段时间还能勤于政务，后期因种种原因而“不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲”近三十年。

关于朱翊钧不上朝的原因，后世学者提出了各种猜想。

直到1958年，当时郭沫若是中国著名的考古学家，为了搞清楚一些历史问题，有时需要对陵墓进行挖掘探究，而朱翊钧死后就葬在定陵，位于北京昌平区的大峪山下，郭沫若最终挖开了定陵，找到了朱翊钧28年不上朝的根本原因。

郭沫若等考古学家，对朱翊钧进行原图复位技术，结果却令所有人倒吸一口凉气，因为复原图显示万历皇帝右腿有残疾，明显比左腿短了大约七公分，而且是处于弯曲状态，这很明显是天生的残疾，走路也是一跛一拐的。

或许正因为如此，所以万历皇帝才不上朝。

参考资料：百度百科-朱翊钧