南京博物院目前有各类藏品42万件，国宝级文物和国家一级文物有二千件以上。

藏品上至旧石器时代，下迄当代，包括石器、陶器、玉器、青铜器、瓷器、书画、织绣、竹木牙雕、民俗和当代艺术品等，国家一级以上文物1062件。藏品中，考古发掘品具有很高的历史、艺术和科学价值。

其中新石器时代的“玉串饰”，战国时期的“错金银铜壶”、“郢爰”，西汉的“金兽”，东汉的“广陵王玺”、“错银饰青铜牛灯”，东汉的“鎏金镶嵌神兽铜砚盒”，西晋的“青瓷神兽尊”，南朝的“竹林七贤与荣启期”模印砖画，明代的“釉里红岁寒三友纹梅瓶”等10件藏品为国宝级文物。