传说一：传说大昭寺寺址最早是一片湖，松赞干布曾在此湖边向尺尊公主许诺，随戒指所落之处修建佛殿，孰料戒指恰好落入湖内，湖面顿时遍布光网，光网之中显现出一座九级白塔。于是，以山羊驮土建寺的浩荡工程就开始了。

传说二：两位公主各带一尊释迦牟尼佛像。作为贵重的陪嫁，尼泊尔公主带来释迦牟尼八岁时的等身像；文成公主请来的是十二岁的释迦牟尼等身佛像。藏民公认这两尊是最早进入雪域高原的佛像，为了供养这么神圣的佛像，松赞干布就开始修建西藏佛教历史上最早的佛教建筑物。

传说三：相传建大昭寺时，几次均遭水淹。文成公主解释说，青藏高原是个仰卧的罗刹女。这个魔女呈人形，湖泊原来正好是罗刹女的心脏，湖水乃其血液。所以文成公主说大昭寺必须填湖建寺，首先镇住魔女的心脏。然后文成公主还在边缘地区推荐了外十二个小寺院，镇住魔女的四肢，共建十三座寺院。就这样把这个湖泊给填平了，给大昭寺奠定了基础。