东南大学软件工程学院近年来承担着近20项国家级和省部级的科研项目，同时也承担了一些横向合作项目的研究与开发工作，旨在为国家培养高质量、高层次、国际化软件工程技术和工程管理专业人才。

东南大学的软件工程专业主要研究方向有软件工程的基础理论和实践技术、软件分析与测试的基本理论和方法、软件维护过程的基础理论和方法、软件模式识别与提取、互联网和物联网软件基础、软件的可信性、可靠性和安全性。

软件工程学院努力寻求同海内外政府、企业、教育及研究机构的合作，汲取优秀的办学经验，引入先进的运行机制和办学模式，聘请知名专家学者共同参与学院的建设、管理和教学实践，逐步确立东南大学软件学院在软件工程教育领域的地位和声誉。