《明朝那些事儿》全套七册和增补版九册的差别是增补版九册比全套七册多了一些精美插图，还有增加了一些扩展阅读，涉及战争的情节也有地图插画，但是内容都一样，《明朝那些事儿》增补版九册的更加精美。《明朝那些事儿》全套七册和增补版九册，内容都是一样的。《明朝那些事儿》全套七册是原版，《明朝那些事儿》增补版九册是后来重新排版。

《明朝那些事儿》主要讲述的是从1344年到1644年这三百年间关于明朝的一些事情，以史料为基础，以年代和具体人物为主线，并加入了小说的笔法，对明朝十七帝和其他王公权贵和小人物的命运进行全景展示，尤其对官场政治、战争、帝王心术着墨最多，并加入对当时政治经济制度、人伦道德的演义。