手工录入进项发票及网上认证的操作流程如下：

1.领取“密钥文件”，企业申请并开通网上办税后，携带有关证明资料和“移动存储设备”到当地税务机关拷贝网上认证“密钥文件”；

2.读入“密钥文件”，进入企业电子报税管理系统，打开基础资料管理下的公司资料设置，点击修改，将U盘或软盘中的“密钥文件”读入并保存；

3.确认并选择正确的认证方式，进入基础资料管理下的系统配置界面，点击修改，将“本企业采取的认证方式”修改为“录入发票生成文件到税局认证”并保存；

4.手工录入进项发票数据，进入进项发票管理下防伪税控进项专用发票管理，点击新增，将当月需要认证的专用发票明细逐份录入，并逐份保存审核。