二者区别在于时期不同。工场手工业是资本主义萌芽之前的发展阶段，而工厂手工业是资本主义发展阶段进入到大机器生产时代。

工场手工业是资本雇佣劳动者的生产形式。在研究资本主义萌芽时，当时史料多不能区分家属劳动与雇佣劳动，我们原则上以有10人以上的厂坊为工场手工业。鸦片战争后，沿用此例。1929年公布《工厂法》规定使用发动机器并雇工30人以上者为工厂，后以雇工10人以上而不足工厂标准者为工场手工业。

工厂手工业是封建社会城市中的手工业生产的基本单位。手工作坊主拥有私有的生产资料，分散经营，以本人的手工劳动为主要的生活来源，一般不雇佣工人，只有做辅助性工作的帮工和学徒。帮工、学徒没有工资，仅有维持生计的微薄报酬，因此，作坊主与帮工、学徒之间不存在资本主义性质的雇佣关系。