截止2018年3月，斗门区下设有5个镇，包括井岸镇、白蕉镇、乾务镇、斗门镇和莲洲镇。

井岸镇位于斗门区中部，是全区的政治、经济、文化中心。面积为142平方公里，总人口28.78万人。全镇下辖15个行政村和14个社区居委会。

白蕉镇位于斗门区东部，西与井岸镇隔黄杨河相连，东与神湾镇隔磨刀门水道相望，南邻珠海大道，北与莲洲镇为邻。全镇下辖33个行政村，3个居委会。

乾务镇隶位于珠海市西部，陆地面积190.6平方公里，是珠海市地域面积最广的镇。户籍人口为5万多人，旅居港澳、海外乡亲3万多人，是著名侨乡。

斗门镇位于斗门区西北部，全镇面积105.77平方公里，常住人口73944人，其中户籍总人口42736人。全镇辖下设有10个村委会和1个居委会。

莲洲镇地处珠海市西北部，面积88.6平方公里，户籍人口4.3万人，下辖27个行政村和3个社区，设立永利工业区。