枢木朱雀杀死他爸爸的原因有两个说法：

1.当时日本已经快要沦陷了，大部分地区已经成为了布列坦尼亚的殖民地，但朱雀的爸爸作为当时日本的总理大臣，仍然为日本的民族独立解放而不屑斗争。当然这件事也跟朱雀的价值观世界观有关系，当时朱雀深入群众，他看到了战争所谓最残酷的一面，战争中损失最大不是军部或是政府，而是群众，群众是真正的无辜者，所以朱雀想试着阻止他父亲继续抵抗的行为，因为那会伤害更多民众。这当然遭到了他父亲的严厉斥责与反对，朱雀一激动之下杀了他父亲。

2.朱雀听到了他父亲当时想杀娜娜利和绑架鲁鲁的计划，于是杀了他。