待分离生物大分子的性质，待分离生物大分子所带的电荷、分子大小和性质都会对电泳有明显影响。一般来说,子带的电荷量越大、直径越小、形状越接近球形，则其电泳迁移速度越快.

缓冲液的性质，缓冲液的pH值会影响待分离生物大分子的解离程度，从而对其带电性质产生影响。溶液pH值距离其等电点愈远，其所带净电荷量就越大，电泳的速度也就越大。

电场强度，电场强度越大，电泳速度越快。但增大电场强度会引起通过介质的电流强度增大,而造成电泳过程产生的热量增大。

电渗，在电场的作用下向负极迁移，带动电极液产生向负极的电渗流。如果电渗方向与待分离分子电泳方向相同，则加快电泳速度，如果相反，则降低电泳速度。